El ecosistema de una cueva se caracteriza por la total oscuridad y por una humedad aproximada del 80%. A pesar de la ausencia de luz es posible encontrar rastros de vida, tanto animal como vegetal.
La fauna que nos encontraremos en el interior de una cueva la podemos dividir en tres grupos:
Trogloxenos: habitan las cuevas de manera ocasional (osos, serpientes, algunos insectos, murciélagos, etc.).
Troglófilos: viven dentro de las cuevas, aunque también podrían hacerlo fuera (moluscos, ácaros, miriápodos, etc.).
Troglóbios: pasan toda su vida en el interior de la cueva. No podrían vivir en el exterior debido a las adaptaciones morfológicas de su cuerpo (crustáceos, algunos insectos y el proteo -parecido a una salamandra-).
Una mención especial es para los murciélagos, por ser los habitantes más conocidos de las cuevas. Gracias a los ultrasonidos que emiten son capaces de reconocer el terreno en la más absoluta oscuridad. Su régimen alimenticio está compuesto principalmente de insectos. La cueva la utilizan para el reposo diurno y el estacional.